La colección actual del Museo supera las dos mil cuatrocientas piezas que cuentan la historia natural, principalmente de la región.

Separada en diversas categorías cuenta con más de 1230 piezas del área zoología, 251 piezas de área Botánica, cerca de 850 piezas mineralógicas y paleontológicas y cerca de 100 piezas entre las áreas Anatomía Humana, Arqueología e Historia.

Su colección zoológica tiene una representatividad de más del 65 por ciento de la fauna de la provincia (aves, mamíferos, reptiles y anfibios) con más de 30 ejemplares dentro de listas rojas y categorías de protección nacional e internacional (SAREM, CIPA, CITES, UICN).

El 70% de las especies  de la provincia de Mendoza presentes en el museo tienen algún grado de amenaza y están presentes en las listas rojas nacionales e internacionales. Esto representa un alto contenido didáctico que repercute directamente en el conocimiento, la concientización popular, la protección y conservación de las especies silvestres sobre todo de aquellas más amenazadas. Esta representatividad es notablemente escasa en los demás museos locales y regionales de exhibición.